تراکنش‌های شاپرکی از چند لایه هزینه تشکیل می‌شوند:

هزینه‌های مالی: هر تراکنش کارتی شامل انواع کارمزد است که بسته به مبلغ تراکنش و صنف، بین بانک و پذیرنده تقسیم می‌شود. علاوه بر این، نوع دیگری از کارمزد هم بین شرکت‌های PSP مرسوم است که اغلب به پذیرندگان پرتراکنش برای حفظ سهم بازار پرداخت می‌شود و با عنوان «کارمزد معکوس» یا «کارمزد پنهان» شناخته می‌شود. به اینها باید هزینه‌های جانبی مثل ارسال پیامک، چاپ رسید، هزینه‌های اداری و حتی هزینه‌ یادآوری و پیگیری تراکنش‌ها را نیز افزود. در مقیاس چند میلیارد تراکنش، این ارقام بسیار چشمگیر هستند.

هزینه‌های فنی و زیرساختی: شبکه‌ پرداخت کارتی نیازمند زیرساخت‌های سنگینی است؛ از نگهداری سامانه‌های کارت، احراز هویت، شتاب، شاپرک و تسویه‌ وجوه گرفته تا حسابداری، سرورهای پرظرفیت و سیستم‌های امنیتی. نگهداری، توسعه یا به‌روزرسانی این لایه‌ها هزینه‌های هنگفتی را به بانک‌ها و شرکت‌های پرداخت تحمیل می‌کند.

هزینه‌های کاربری: تجربه‌ کاربر در تراکنش‌های کارتی معمولاً زمان‌بر و پیچیده است؛ از واردکردن اطلاعات کارت، رمز پویا، کد امنیتی و… برای هر پرداخت آنلاین گرفته تا مواجهه با اختلال‌های مقطعی. این موارد نه‌تنها باعث نارضایتی کاربران می‌شوند، بلکه هزینه‌های زمانی و روانی قابل توجهی نیز ایجاد می‌کنند.

هزینه‌های امنیتی: شبکه پرداخت کارتی کشور درحال‌حاضر بسیار متمرکز بوده و اجزای آن وابستگی بالایی به یکدیگر دارند. این موضوع ریسک امنیتی را به‌شدت افزایش می‌دهد؛ به‌نحوی که اگر یکی از اجزای شبکه، مانند شتاب یا شاپرک، مورد حمله امنیتی قرار گیرد یا از دسترس خارج شود، سایر اجزای شبکه بانکی نیز تحت‌تأثیر قرار خواهند گرفت.